История создания налоговой службы Кыргызской Республики началась с постановления Совета Министров СССР от 29 января 1990 года №76, которым  в системе Министерства Финансов СССР была создана государственная налоговая служба в составе государственной налоговой инспекции Министерства финансов кыргызской республики .Образование государственной налоговой службы происходило на базе бывшего управления государственных доходов министерства финансов СССР.

              С получением суверинитета республики Указом президента Кыргызской Республики от 10 февраля 1992 года Государственная налоговая инспекция была передана в ведение правительства Кыргызской Республики и стала называться в соответствии с положением утвержденным Распоряжением президента Кыргызской Республики от 4 марта 1992 №23  “Государственная налоговая инспекция при Правительстве Кыргызской Республики”.

  1994г. Налоговая служба передана в подчинение Министерства Финансов Кыргызской Республики и стала называться “Государственная налоговая служба при Министерстве финансов Кыргызской Республики”

    1 октября 2002 года на базе Государственной налоговой инспекции при Министерстве финансов КР и Государственной таможенной инспекции при Министерстве финансов КР был образован Комитет по доходам при Министерстве финансов КР.

              2005г указом исполняющего обязаности Президента Кыргызской Республики от 14 апреля 2005 года УП N 10В целях обеспечения прозрачности и эффективности деятельности фискальных органов Кыргызской Республики в рамках проводимой антикоррупционной политики в   системе   исполнительной   государственной власти, Комитет по доходам был реорганизован с образованием на его базе:

- Государственной налоговой инспекции при Правительстве Кыргызской Республики;

- Государственной таможенной инспекции при Правительстве Кыргызской Республики.